Avant la création de la commune nouvelle  Sépeaux-Saint-Romain, l’histoire des deux villages a toujours été intimement liée. Les origines remontent à la préhistoire comme en témoignent les silex taillés retrouvés dans les terres.

Sépeaux et son histoire

A l’époque gallo-romaine, le nom du village Cippeletum (lieu de la petite palissade) est retrouvé, puis Ceppel, Seppels en 1120, Seppous en 1210 et enfin Sepau. A l’époque gauloise, Sépeaux et Saint-Romain appartiennent à la cité des Senons et au Comté de Champagne.
Sépeaux fut érigée en paroisse Saint-Martin dans le siècle qui suivit le décès du saint au Ve siècle, son nom et son patronage garantissant une origine gallo-romaine.
Au moyen-âge, Sépeaux relevait pour le temporel de la châtellenie de Joigny, et pour le spirituel de l’archidiaconé du Gâtinais dans le diocèse de Sens. Entre 1120 et 1139 est mentionné à deux reprises un certain Geoffroy curé de Sépeaux (Gaufridus presbiter de Septempilis, Galfridus presbiter Septempilorum). En 1151 l’archevêque de Sens fait mention d’une possession des moines des Echarlis à Sépeaux : il s’agit d’un secteur boisé qu’on veut défricher pour y faire des prés.
Au retour de la 2^ème croisade, Louis VII (1120-1180) demande la construction d’établissements pour malades contagieux. La croix de saint Marc, disparue dans les années 70, indiquait l’emplacement d’une maladrerie intégrant une chapelle, édifiée à la sortie du bourg, sur la route de Précy. En 1695, les biens de la maladrerie de Sépeaux sont réunis à ceux de l’Hôtel Dieu de Cezy et les terres remises aux habitants en 1766. La paroisse associera au vocable de Saint-Martin, celui de Saint-Marc.
En 1364, la population de Sépeaux est de 250 habitants. Une épidémie de peste noire, la guerre de 100 ans, la grande famine de 1434-1440 déciment la totalité de la population. Durant 25 ans, le village est désert et les premiers habitants reviennent vers 1450.
Précy, dont la seigneurie est passée à la famille Alègre, devient fin XVe le centre d’une châtellenie englobant Sépeaux, Saint-Romain et une partie de Cudot.
Sepeaux se situe sur un parcours qui favorise se vocation commerciale. Bien que les foires de Champagne n’aient plus le grand rôle qu’elles avaient au Moyen-âge, l’axe routier entre la Champagne et le Berry empruntant la Voie Blanche reste très fréquenté et Sépeaux est considéré comme une ville étape. Le châtelain de Précy-sur-Vrin, M. Duprat, chambellan du roi, sollicite auprès de François 1^er l’autorisation de ceindre Sépeaux d’un rempart afin que foires et marchés puissent s’y dérouler sans risque pour les marchands et les pèlerins. Le roi, par lettre patente en 1545, donne son accord. Sépeaux, comme tout bourg qui a une enceinte à l’époque devient « une ville ». La ville close se dote d’un marché hebdomadaire et de quatre foires annuelles, et il en sera ainsi jusqu’à la fin de l’ancien régime.
L’église de Sépeaux subira probablement des dommages lors des guerres de religions, restaurée en 1586. En 1587, année de peste, la population était de 350 habitants.
En 1858, Sépeaux avait une surface de 2000 ha dont 100 en bois et 100 en blé.

Saint-Romain-le-Preux et son histoire

Au vi^e siècle, saint Romain, instructeur de Benoît de Nursie à Subiaco, vient d’Italie s’installe comme ermite dans une grotte à Druyes-les-Belles-Fontaines et évangélise la région. Entre 810 et 944 pendant les invasions normandes, les reliques du saint auraient été déposées dans le bourg d’où l’origine probable du nom du village. La préposition « lez » (utilisé autrefois) ou « le » (utilisé actuellement) qui relie Saint-Romain à Preux vient du latin « latus » qui veut dire « près de ». C’est donc Saint-Romain que l’on situait près de Preux, soulignant la plus grande importance de ce lieu à une certaine époque. Preux, doublet de Perreux ou lieu pierreux se situe dans un petit vallon au pied de l’ancienne voie romaine qui allait d’Auxerre à Chartres (axe qui a servi de limite entre Sépeaux et Saint-Romain). Un prieuré y a été fondé dont la maison prieurale existe encore aujourd’hui.
En 1358, lorsque Robert Knowl envahit la région, Saint-Romain se trouvant sur sa trajectoire fut ravagée tandis que Preux fut épargné. Pendant 20 ans, Saint-Romain restera en l’état, et recommencera à fonctionner très lentement à partir de 1391.
A la fin du XVe siècle, la famille Alègre, à la tête de la châtellenie de Précy-sur-Vrin, va annexer les prévôtés de Sépeaux et Saint-Romain-le-Preux qui ne sont, à la fin de la guerre de cent ans que ruines et misères. La fille ainée de François d’Alègre, Anne, se marie avec Antoine II Duprat en 1526, mariage très important entre deux familles riches qui vont régner et participer au développement de la région. Après la mort d’Antoine II Duprat, Anne d’Alègre se remarie avec Georges Clermont de Gallérande, seigneur dans le Maine et de la Celle-Saint-Cyr, qui soutient les prêcheurs calvinistes et va activement participer aux guerres de religion successives. Après les guerres de religion, les épidémies, la peste va décimer la population.
Début XVII^e la terre de Saint-Romain relevait donc en fief des seigneurs de Précy-sur-Vrin mais les habitants étaient justiciables de la prévôté de Sépeaux qui ressortissait du bailliage de La Coudre (La Ferté Loupière).

Sources : Association Terre à Silex. Souvenir de Saint-Romain-le-Preux et de Sépeaux. Yonne. 2013.